Küçük yaşta annesini kaybeden Tomoya, babası ile yaşamaktadır. Ancak babası, eşinin ölümünün üzerine kendisini alkol ve kumara vermiştir. Tomoya ve babasının halihazırda kötü olan ilişkileri, Tomoya ve babasının bir kavgaları esnasında babasının, Tomoya'nın kolunu yaralamasıyla daha da kötüleşir ve birbirlerinden tamamen uzaklaşırlar. Kolundaki kesik yüzünden basketbol klübünden de ayrılmak zorunda kalan Tomoya, okuldan ve arkadaşlarından da uzaklaşır. Lise son sınıfda okuyan Tomoya Okazaki, sınıf arkadaşları tarafından artık bir serseri olarak görülmektedir.
Ancak Youhei Sunohara dışında arkaşı olmayan Tomoya'nın hayatı, okulda hiç bir arkadaşı olmayan Nagisa Furukawa ile tanışması ile tamamen değişir. İlk başta Nagisa ile çok ilgilenmiyor görünse de, bir süre kendisini onunla birlikte bulur ve yavaş yavaş kalbini açmaya ve başka arkadaşlar da bulmaya başlar.
01. On the Hillside Path where Cherry Blossoms Flutter
02. The First Step
03. Once Again After Crying
04. Let's Find Friends
05. The Scenery with a Carving
06. The Older and Younger Sister's Founder's Festival
07. Star-Shaped Feelings
08. The Wind that Vanishes into Dusk
09. Until the End of the Dream
10. The Girl Genius' Challenge
11. The After School Rhapsody
12. Hidden World
13. Garden of Memories
14. Theory of Everything
15. Stuck Problem
16. 3 on 3
17. A Room Without Anyone
18. Counter Measures
19. A New Life
20. A Hidden Past
21. Face Toward the School Festival
22. Two Shadows
Özel bölümler
23. What Happened During Summer Holidays
24. Another World: Tomoyo Chapter (OVA)