Daimon Kaito puzzle çözmeyi çok seven ve puzzle çözmekte dahi olan bir lise öğrencisidir. Birgün okul öğrenci konseyi başkanı Kaito'ya dijital bir puzzle aleti verir. Aletteki bütün puzzle'ları çözen Kaito Minotaur adlı kişi tarafından Sage Puzzle'a davet edilir.
Sage Puzzle, POG adında gizemli bir grup tarafından yapılmıştır ve çözülememesinin sonucu ölümdür. Kaito daveti kabul eder ve ilk puzzle'ı çözer. Bunun sonucunda düşünme kabiliyetini maximuma çıkaran bir güç kazanır, fakat aynı zamanda POG'a karşı vereciği savaşı da başlatmış olur.
