Asuna isimli bir genç kız, babasından hatıra kalan (pil ya da benzeri elektrik ihtiyacı olmadan çalışan) bir tür kristal radyodan gizemli bir ses duyar ve bu sesi asla aklından çıkmaz. Günün birinde bir yaratığın saldırısına uğrar ve Shun isimli genç bir adam tarafından kurtarılır. Shun kızın daha önce hiç duymadığı “Agartha” denilen yeryüzü sırlarının gizlendiği ve dileklerin kabul edildiği gizemli bir yerden gelmiştir ve birisini görmek için yeryüzüne çıktmıştır. Biribirlerini görmeye devam eden Asuna ve Shun yakınlaşmaya başlarlar. Ancak bir süre sonra Shun aniden ortadan kaybolur ve aynı sıralar annesinin çalışığı hastaneye nehre düşmüş bir erkek cesedinin ulaştığını öğrenir...
Derken Shun'a tıpatıp benzeyen genç bir erkek ortaya çıkar. Şüpheli adamlar tarafından takip edilen genç erkeğin elinde Agartha'yı açan anahtar vardır. Agartha'nın kapısı, köşeye sıkışan genç erkek ve Asuna'nın önünde açılırken Asuna, şüpheli adamların lideri Bay Morisaki'nin aslında vefat etmiş eşine yeniden kavuşabilme umuduyla Agartha'yı arayan biri; Shin isimli genç erkeğinse Shun'un erkek kardeşi olduğunu öğrenir. Bay Morisaki, Shin ve Shun'u bir kez daha görme isteğiyle onlara katılan Asuna birlikte bilnmezlerle dolu Agartha'ya adım atarlar…
