Uzaylılar marstaki üssümüzü yıkmış, donanmamızı bütünüyle yoketmiştir. Dünya ile aralarında sadece bir tek gemi kalmıştır. Bu gemi bağımsız bir silah şirketi olan Nergal'ın ürettiği son savaş gemisidir. Bu yeni uzay gemisi bilinenlerin en iyisidir. Fakat yetişmiş asker bulmakta zorlandıkları için, gemiyi bugüne kadarki en garip mürettebata teslim ederler. Kahramanlarımızın Jovian'lı istilacılarla karşılaşmadan önce dünyada kazanmaları gereken bir savaş daha vardır, ordu gemiyi kendisi için istemektedir!
1. To Go Like a Man
2. Leave the Blue Earth to Me
3. A Goodbye That Came Too Soon
4. Charmed by Aqua Space
5. Ruri's Navigation Logs
6. Sort of Like a Fateful Decision
7. The Song That You Will One Day Sing
8. The Luke Warm "Cold Equation"
9. The Miracle Operation of the Kiss
10. The Dangers of Femininity
11. Finding Yourself in a Routine Plot
12. Those Unforgettable Days
13. There is No Single Truth
14. Let's Go with Hot Blooded Anime
15. The Significant Other from a Star Far Away
16. The Beginning of Nadesico's War
17. A Reunion That Came Too Late
18. Echoes of Self, Echoes of Water
19. You're the Next Captain of the Nadesico
20. Run Silent, Run Deep
21. The Meadows We Once Ran Across
22. Protect the Visitor
23. A Place We Call Home
24. Ubiquitous Righteousness
25. Being Myself, Being Yourself
26. For the Lady We Will Meet Someday
