Acımasız, gizli bir organizasyon olan “Red Sea” (Aka Umi); Yakushimaru Hagane adındaki bir kızın üzerinde gizli deneyler yapmaktadır. Bundan haberi olmayan ve çocukluğundan beri her şeyi basit bir tedavi sanan Hagane’nin vücuduna, aslında efsanevi kılıç ustası Musashi’nin DNA’sı enjekte edilmiştir; böylece Hagane doğaüstü güçlere sahip bir savaşçı olacaktır. Bu projenin adı “Parasite Project”dir ve söz konusu DNA’lar “parazit” olarak adlandırılır. Ancak; dişiler üzerinde başarılı olan tek deney Hagane’nin kidir; dolayısıyla bu O’nu, Red Sea’nin yeni araştırma konusu yapmaktadır.
Bir gece evlerine yapılan saldırıda Hagane’yi; Yüzyılın en büyük falcısı Chizuko Mifune’nin genetik bilgilerine ve telekinetik güçlere sahip olduğu için deneyin amacından erken haberdar olan Ren Mizuki ve Billy the Kid’in DNA’larının enjekte edildiği Stefan Kimura Bennet kurtarır ancak Hagane’nin ailesi kaçırılmış ve evi havaya uçurulmuştur.
Red Sea’ye, parazitleri tarafından ele geçirilen kobaylara ve diğer askerlere karşı savaşarak hem ailesini kurtarmaya hem de Red Sea’yi durdurmaya çalışan Hagane ve yeni dostları, kendilerini hiç beklemedikleri olayların içinde bulurlar.
Peki ya "Revelations of the New Millennium" (Yeni Bin Yılın Vahiyleri) denen proje ve Hagane’nin sırrı nedir?
