"King of Fighters 95" turnuvasını kazanıp, en büyük rakibi Iori Yagami'yi de yenmeyi başaran Kyo Kusanagi, Japonya'daki rutin hayatına geri dönmüştür. Bir sonraki turnuva başlayana kadar, Kyo'nun yaz sonuna kadar vakti vardır ve günlerini okulu, dövüş antremanları ve hayatta ciddiye aldığı tek kişi; kız arkadaşı Yuki ile geçirmektedir.
Bir sonraki turnuva yaklaşırken Kyo, Kusanagi ailesine özgü ateş gücünün aniden kaybolmaya başladığını fark eder. Ve bu sırada 1800 yıllık bir Yagami-Kusanagi klanı düşmanlığının son üyesi Iori, intikam ve ömrü boyunca planladığı Kyo'yu yoketmek arzusu ile Osaka'ya gelir. Bu Kyo'nun hiçte tahmin etmediği gibi olaylarla dolu bir yaz geçireceğinin ilk sinyalleridir...
