Yıl 2203. Yamato son savaşı ardından gizli bir üsse saklanır ve tamir edilir. Üs o kadar gizli tutulmaktadır ki Yamato kaptanı Kodai dahi yerini bilmemektedir. Yenilginin ardından çabucak toparlanmayı başaran Karanlık Yıldız İmparatorluğu ani bir saldırı ile Güneş sistemini ele geçirmeyi başarmıştır. Dünyaya yerleştirdiği dev, yok edici bomba ile insanları teslim olmaya zorlamaktadır. Tek istediği Yamato olan kuşatma birliklerinin pek de başarılı olduğu söylenemez. Gelen emirle geride kalan bütün Yamato mürettebatı eski bir astroide gider. Yamato nihayet uyanır ve sahip olduğu güç ile Dünyayı kuşatan gücün karşısına çıkar.
Fedakâlık olmadan zafer asla kazanılamaz...
Kodai ve Yamato bunu zor da olsa kabulleneceklerdir.
