Yıl 2201. Yamato, Dünya'yı Radyoaktif kirlenmeden kurtaralı bir sene olmuştur. Şimdi başa çıkılması gereken yeni bir tehdit ortaya çıkmıştır.
Dünya'ya savaş ilan eden Gamilus yeniden toparlanmıştır ve üstün bir silah geliştirerek hızla Dünya üzerine saldırıya geçmiştir. Dünya konseyi ilk başta bu silahı bir kuyruklu yıldız sansa da keşif amacı ile yola çıkan Yamato ve mürettebatı gerçeği çok geçmeden öğrenir.
Şimdi, eski uzayda, eski düşmanla yeni bir savaş başlamıştır. Acaba bu yolculuk Yamato'nun son seyahati midir?
