Mai-Otome’deki olaylardan bir yıl sonra artık tam bir Otome olan Arika ve Nagi, Aries’te bir yerlerde bir hapishaneye kapatılırlar. Birçok ülke birbirleriyle barış halindedir ve Otome’lerin sayısını sınırlamayı tartışmak üzere bir S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks) düzenlenmek üzeredir.
Earl ile çarpışma tehlikesi bulunan bir meteoru yok etme görevi; gizemli birileri tarafından Garderobe Akademisi ile onlarca Otome’nin saldırıya uğramasına ve Slave’lerin çok daha güçlü yeni versiyonlarının Dünya çapında ortaya çıkmasına yol açacak zincirleme olayların başlangıcı olacaktır. Her şey daha da kötüye giderken Kraliçe Mashiro, Arika ile yaptığı bir tartışmanın ardından ortadan kaybolacak ve Arika, Mashiro’yu bulmak için bir yolculuğa çıkacaktır…
