Uçsuz bucaksız evrende güvenli seyahat etmenin adı olan Galaksi Demir yolları (Galaxy Railways) açıklanamayan garip olaylar yüzünde seferleri aksamaktadır. Bunu önleyebilmek ve bir açıklama getirebilmek adına Galaxy Railways’in Self Savunma Gücü (SDF) araştırma yapmaya başlamıştır! Halise gezegeni yakınlarından geçerken bir “SOS” sinyali gönderen Galaxy Express 999 araştırma görevinin kurtarma görevine dönüşmesine neden olur. Olay yerine gelindiğinde olayın farklı bir boyutta olduğu ve seçkin “SDF” ekibinin de geçmişi ile yakından ilgili olduğu ortaya çıkar. Maetel’in ve Tetsuro’nun olaya dahil olmaları çözüm sürecini hızlandıracak gibidir.