Hikâye, galaksiyi ele geçirip yönetmeyi amaçlayan bir ırk etrafında gelişmektedir. Gizemli ve yalnız kadın korsan olan ve Galakside Emeraldas adı ile bilinen savaşçı, Yıldızlar Denizi gemisi ile sonsuz uzayda, acımasız ırkın zorbalıkları ile savaşarak ilerlemektedir. Aynı zamanda Emeraldas eski aşkının anısı ile boğuşmaktadır.
Notlar:
Son iki bölümü deniz aşırı ülkelere sürülmemiş ancak ilk iki bölümü ADV tarafından lisanslanıp dağıtılmıştır. İlk iki bölüm OLM (Oriental Light and Magic) tarafından, son iki bölüm ise MAC (Multi Access Company) tarafından yapılmıştır. Bölümlerin hakları iki ayrı şirkete ait olduğundan lisanslanmasında problem yaşanmıştır.
Galaxy Express 999 filminden 5 sene sonrasında geçmektedir.
