Dünyanın birçok noktasında bir dizi gizemli suikast gerçekleşmiş ve bazı ülkelerin istihbarat birimlerindeki gizli dosyalarına erişilmiştir. Kimliği belirlenemeyen gizemli casus, belgeleri çalma girişimi öncesi Rei Furuya ve polis ekibi tarafından takibe alınır ve Shuichi Akai'nin de dahil olduğu kovalamacada şüphelinin aracı havaya uçar.
Sonraki gün yenilenen akvaryumda bir araya gelen Profesör Agasa, Haibara, Conan ve arkadaşları hafızasını yitirmiş yaralı bir kadın bulurlar. Bilmedikleri şeyse uzakta bir yerde susturucu tabancası ile Vermouth tarafından izlendikleri ve kadının yaptığı telefon konuşmasında "Herşey planlandığı gibi gitti Gin" dediğidir.
