Touto Metro Hattı açılışı öncesi Hükümet görevlisi Yuuichiro Asakura bir tehdit mektubu alır. Asakura, seramoni kapsamında basın ve politikacıların da eşliğinde metronun ilk deneme sürüşüne katılacaktır. Mektubu dikkate alan Beika Polis Departmanı'nın güvenlik önlemleri çerçevesinde seramoni devam ederken, Edogawa Conan, Haibara Ai ve Dedektif Çocuklar Üçlüsü Profesör Agase ile paralel karayolu tünel hattında yolculuk etmektedirler. Conan tünelde önce şüpheli birinin varlığını ardından da tünele yerleştirilen bir dizi zaman ayarlı bombayı fark eder. Müfettiş Megure'yi Kudo Shinichi sesi ile arayarak durumdan haberdar eder. Metro treni durdurulurken Conan, kaykayını kullanarak tünele döner ve arabaların geçişini engeller. Yaptığı bu tespite rağmen patlama meydana gelir. Ancak can kaybı önlenmiş olur. Conan olayın basit bir bombalamadan fazlası olduğunu ve ardındaki gerçeği keşfetmekle kalmaz, suçluları yerinde etkisiz hale getirmek için bir kez daha harekete geçer.
