Johto'nun uzaktaki yeni yerleri kristal sular, yasaklanmış orman ve bir sır barındırmaktadır. Mewtwo ve diğer klon pokemon arkadaşları nihayet rahatça yaşayabilecekleri bir yer bulmuşlardır. Pokemon İlk Film'de Mewtwo, Mew'in klonlarıyla olan çarpışmasının tüm izlerini yok etmiş hatta kendi de ortadan kaybolmuştur! Giovanni hariç herkesin hafızası silinmiştir ve kötülüğün gücü Mewtwo'nun peşindedir.
