Satoshi ve arkadaşları, LaRousse şehrine seyahat ettiklerinde, dört yıl önce gerçekleşen bir olay sonucu Pokémonlardan korkan Tooi isimli bir çocukla karşılaşırlar. Bu arada, uzaydan gelen bir Pokémon olan Deoxys tekrar belirir ve şehrin etrafına bir bariyer koyarak insanları kaçmasına sebep olur. Atmosferde yaşayan bir Pokémon olan Rayquaza ise bu olanları görür ve Deoxys ile savaşmaya gelir.
